A Base39 oferece aos administradores da conta a opção de excluir os Dados do Cliente a qualquer momento durante o período de contrato. Dentro de 24 horas após a exclusão pelo administrador, a Base39 apaga permanentemente todas as informações dos sistemas de produção em execução no momento. As cópias de segurança da Base39 são destruídas dentro de 14 dias, exceto durante a investigação de um incidente.
Adicionalmente, a plataforma assegura que todas os fornecedores de hospedagem terceirizados aplicáveis excluam todas as cópias dos Dados do Cliente (exceto termos de pesquisa incluídos em URLs nos logs de acesso do servidor).